Κατά τον 8ο και 7ο αιώνα π.Χ., η Νάξος κυριάρχησε στις Κυκλάδες. Το 502 π.Χ. οι κάτοικοι της Νάξου εξεγέρθηκαν εναντίον των Περσών. Αυτή η εξέγερση οδήγησε στην Ιωνική Επανάσταση και στη συνέχεια στους Περσικούς πολέμους.
Μετά την Τέταρτη Σταυροφορία, με τον Λατίνο αυτοκράτορα υπό την επιρροή των Ενετών που εγκαταστάθηκε στην Κωνσταντινούπολη, ο Ενετός Μάρκος Σανούδος κατέκτησε τη Νάξο και σύντομα κατέλαβε και τις υπόλοιπες νήσους των Κυκλάδων και έλαβε τον τίτλο του «Δούκα του Αρχιπελάγους». Είκοσι ένας δούκες από δύο δυναστείες κυβερνούσαν το Αρχιπέλαγος μέχρι το 1566. Η Ενετοκρατία συνεχίστηκε στα διάσπαρτα νησιά του Αιγαίου μέχρι το 1714.
Η διοίκηση της νήσου κατά τη διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας παρέμεινε ουσιαστικά στα χέρια των Ενετών. Η ανησυχία της Πύλης ικανοποιήθηκε από την επιστροφή των φόρων. Πολύ λίγοι Τούρκοι εγκαταστάθηκαν μόνιμα στη Νάξο και η τουρκική επιρροή στο νησί είναι μικρή. Η τουρκική κυριαρχία διήρκεσε μέχρι το 1821, όταν τα νησιά εξεγέρθηκαν. Η Νάξος έγινε τελικά μέλος του ελληνικού κράτους το 1832.
Από τη Μικρασιατική Καταστροφή (σύμφωνα με την απογραφή προσφύγων του 1923), η πόλη της Νάξου δέχτηκε 1.052 πρόσφυγες (388 άρρενες και 644 θήλεις), σε σύνολο 3.656 προσφύγων στα νησιά της Νάξου και της Πάρου.
Το 1835, με 2.425 κατοίκους (630 οικογένειες), αποτελεί μαζί με τα Αγκίδια τον νεοϊδρυθέντα Δήμο Νάξου της επαρχίας Νάξου, με έδρα την πόλη της Νάξου. Το 1912, καταργείται ο Δήμος Νάξου και δημιουργείται η κοινότητα Νάξου με έδρα την πόλη της Νάξου. Στην κοινότητα της Νάξου προσαρτώνται τα Αγκίδια και η Δυτική Επισκοπή. Το 1947, η κοινότητα της Νάξου μετατρέπεται σε Δήμο. Το 2010, με την εφαρμογή του προγραμματος Καλλικράτης (νόμος 3852/2010), καταργείται ο δήμος Νάξου και δημιουργείται ο δήμος Νάξου & Μικρών Κυκλάδων με έδρα την πόλη της Νάξου. Σήμερα, μετά τη τελευταία μεταβολή του 2010 (πρόγραμμα Καλλικράτης), αποτελεί μαζί με τους οικισμούς Αγκίδια ( 299 κ.) και Μονή Χρυσοστόμου ( 5 κ.) την Δημοτική Κοινότητα Νάξου ( 1327 κ.) όπου έχει οριστεί έδρα. Η δ.κ. Νάξου υπάγεται στη Δημοτική Ενότητα Νάξου, του δήμου Νάξου και Μικρών Κυκλάδων, της περιφερειακής ενότητας Νάξου (του πρώην νομού Κυκλάδων), στην περιφέρεια Νοτίου Αιγαίου.
Κάστρο Χώρας Νάξου