Την περίοδο 2012-13 η ΕΠΣ Ημαθίας διοργάνωσε το πρωτάθλημα σε 4 κατηγορίες και το Κύπελλο

A1΄Κατηγορία

Στο πρωτάθλημα της Α1 Ε.Π.Σ. Ημαθίας 2012-2013 πρώτη αναδείχθηκε η ομάδα του Αχιλλέα Νεοκάστρου η οποία αγωνίστηκε μετά το τέλος της Α1 στα μπαράζ για την άνοδο στην Γ΄ Εθνική Ερασιτεχνική, αλλά δεν τα κατάφερε και θα αγωνίζεται και την επόμενη σεζόν στην Α1. Από την άλλη υποβιβάστηκαν στην Α2 ΕΠΣ Ημαθίας η Θύελλα Στενημάχου, η Αγία Βαρβάρα, η ΑΕΠ Βέροιας και ο Κεραυνός Επισκοπής, που τερμάτισαν στις τελευταίες θέσεις της βαθμολογίας.Η Νίκη Αγκαθιάς δεν δήλωσε συμμετοχή στο πρωτάθλημα της Α1 ΕΠΣ Ημαθίας

A2΄Κατηγορία

= 1ος όμιλος

=

= 2ος όμιλος

=

Β΄Κατηγορία

Γ΄Κατηγορία

= 1ος όμιλος

=

= 2ος όμιλος

=

Πηγές

Α2 Ερασιτεχνική (Α’ όμιλος) – Τα αποτελέσματα και η τελική βαθμολογία sportsup.gr , 31-3-2013 Β’ Ερασιτεχνική – Το πανόραμα της τελευταίας αγωνιστικής sportsup.gr , 13-2-2013 Γ’ Ερασιτεχνική – Τα αποτελέσματα της τελευταίας αγωνιστικής στους δύο ομίλους Imathia Sports News , 24-4-2013