Ο Άγιος Ιωάννης Αφιάρτη είναι μικρό ημιορεινό χωριό της Καρπάθου στα Δωδεκάνησα. Σύμφωνα την απογραφή του 2011 έχει πληθυσμό ενός κατοίκου.
Ο Άγιος Ιωάννης είναι κτισμένος σε υψόμετρο 111 μέτρων και βρίσκεται στο νότιο τμήμα του νησιού, σε απόσταση 14,5 χλμ. νοτιοδυτικά από την Κάρπαθο (ή Πηγάδια) και 7,5 χλμ ΝΔ. από τους Μενετές. Η περιοχή ανατολικά του χωριού και μέχρι τον Κήπο Αφιάρτη έχει χαρακτηριστεί καταφύγιο άγριας ζωής, ενώ σε κοντινή απόσταση υπάρχει αιολικό πάρκο. Ως οικισμός επίσημα αναφέρεται το 1981 να απογράφεται στην τότε κοινότητα Μενετών της επαρχίας Καρπάθου, με πληθυσμό 48 κατοίκων. Σύμφωνα με το σχέδιο Καλλικράτης ο Άγιος Ιωάννης ανήκει στην τοπική κοινότητα Μενετών που υπάγεται στη δημοτική ενότητα Καρπάθου του δήμου Καρπάθου.
