Η Αγία Πελαγία είναι χωριό της κοινότητας Μυξορρούματος, της δημοτικής ενότητας (τέως δήμου) Λάμπης, του δήμου Βασιλείου, της περιφερειακής ενότητας (τέως νομού) Ρεθύμνης, στην περιφέρεια Κρήτης, σύμφωνα με το πρόγραμμα Καλλικράτης. Πριν το πρόγραμμα Καλλικράτης και το σχέδιο Καποδίστριας, ανήκε στην επαρχία Αγίου Βασιλείου του νομού Ρεθύμνης, στο γεωγραφικό διαμέρισμα Κρήτης.
Η Αγία Πελαγία είναι ημιορεινός οικισμός στο δυτικοκεντρικό τμήμα του νομού Ρεθύμνης. Βρίσκεται κοντά στο Σπήλι και σε μέσο σταθμικό υψόμετρο 360. Απέχει περίπου 25 χλμ. Ν. του Ρεθύμνου.
Ο οικισμός ήταν προσηρτημένος στην κοινότητα Μυξορρούματος από το 1925. Με το ΦΕΚ 244Α - 04/12/1997 αποσπάστηκε από την κοινότητα Μυξορρούματος και προσαρτήθηκε στον δήμο Λάμπης. Με το ΦΕΚ 87Α - 07/06/2010 αποσπάστηκε από τον δήμο Λάμπης και προσαρτήθηκε στον δήμο Αγίου Βασιλείου.
Η εκκλησία της Οσίας Πελαγίας στο κέντρο του οικισμού, από την οποία πήρε την ονομασία του. Εκκλησιαστικά υπάγεται στην Α΄ Αρχιερατική περιφέρεια της Ιεράς Μητροπόλεως Λάμπης, Συβρίτου και Σφακίων.
Εγκυκλοπαίδεια Πάπυρος Λαρούς Μπριτάννικα, εκδ. 1978, 2006 (ΠΛΜ) Εγκυκλοπαίδεια Πάπυρος Λαρούς, εκδ. 1963 (ΠΛ) Εγκυκλοπαίδεια Δομή, εκδ. 2002-4 Οργανισμός εκδόσεων «Ελλάδα», χάρτες (Βαρελάς) Περιοδικό Διακοπές, εκδ. Δ.Ο.Λ., 2010 eetaa.gr Σπανάκης, Στέργιος (1993). Πόλεις και χωριά της Κρήτης στο πέρασμα των αιώνων, τόμος Α. Ηράκλειο: Γραφικές Τέχνες Γ. Δετοράκης. σελ. 48.
